Katie OToole
Reputation: 11
Plotting predicted GLMM results
I am plotting predicted GLMM results and I am trying to make a barchart with error bars. I have tried a lot of different things but the plot() is the only one I can make work. If it is not possible to make a barchart, is there a way to make the graph look a bit better?
this is my data:
structure(list(Date = c("06/07/2023", "09/07/2023", "29/06/24",
"29/06/24", "06/07/23", "09/07/23", "20/07/24", "06/07/23", "29/06/24",
"07/07/23", "10/07/23", "12/07/23", "03/07/23", "12/07/23", "19/07/24",
"12/30/99", "12/07/23", "19/07/24", "04/07/23", "18/07/24", "20/07/24",
"04/07/23", "18/07/24", "20/07/24", "08/07/23", "19/07/24", "20/07/24",
"06/07/23", "14/07/24", "18/07/24", "06/07/23", "14/07/24", "17/07/24",
"06/07/23", "14/7/24", "17/07/24", "10/07/23", "10/07/23", "10/07/23",
"13/07/24", "13/07/24", "13/07/24", "20/07/24", "20/07/24"),
Site = structure(c(3L, 3L, 3L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 3L,
3L, 3L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 1L, 1L, 1L, 2L,
2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 3L, 2L,
1L, 3L, 2L, 3L), levels = c("Centre", "East", "West"), class = "factor"),
Habitat = structure(c(2L, 2L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 2L,
2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 2L, 2L, 2L,
1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 2L,
1L, 2L, 2L, 1L, 1L), levels = c("Kelp", "Sand"), class = "factor"),
Bait.Type = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
2L, 2L, 2L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 4L, 4L, 4L,
4L, 4L, 4L, 4L, 4L), levels = c("Clams", "Control", "Crabs",
"Mackerel", "Worms"), class = "factor"), Time.of.first.arrival = structure(c(6L,
5L, 1L, 5L, 4L, 6L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 10L, 4L, 1L, 6L, 1L, 9L, 2L, 1L, 1L, 5L, 1L, 2L,
10L, 7L, 3L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 8L, 1L, 1L), levels = c("1",
"2", "3", "4", "8", "10", "13", "17", "20", "26"), class = "factor"),
Maja.brachydactyla = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
1L, 2L, 0L, 0L, 0L), Cancer.pagurus = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Homarus.gammarus = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Necora.puber = c(0L,
1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Pagurus.sp. = c(0L,
2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 2L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L), Tritia.reticulata = c(0L,
1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 2L, 0L, 3L, 2L, 0L, 0L, 30L, 1L, 1L,
1L, 0L, 0L, 5L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 22L, 0L, 7L, 0L, 6L, 0L, 0L, 0L),
Sepia.officinalis = c(0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 1L), Spondyliosoma.cantharus = c(0L, 1L,
0L, 3L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 3L, 5L, 1L, 3L,
2L, 0L, 2L, 0L, 0L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 3L, 0L, 0L,
3L, 1L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 4L, 0L, 1L, 1L, 6L), Scyliorhinus.canicula = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Gobiusculus.flavescens = c(0L,
0L, 34L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
58L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 72L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L
), Parablennius.gattorugine = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Gobius.sp. = c(0L, 0L, 3L, 0L,
0L, 0L, 2L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 3L, 0L, 4L, 0L,
0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 6L, 10L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L,
31L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Tripterygion.delaisi = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Callionymus.sp. = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 6L, 2L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 2L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 2L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 5L, 0L, 2L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L), Labridae = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Labrus.bergylta = c(0L,
0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 2L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 0L, 0L, 2L, 0L, 2L, 0L, 2L, 2L, 2L, 0L, 4L, 1L, 1L,
0L, 0L, 1L, 2L, 3L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 2L), Symphodus.bailloni = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Symphodus.melops = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 1L,
0L, 1L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 1L, 2L, 0L, 0L, 3L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L), Ctenolabrus.rupestris = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L), Labrus.mixtus = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L), Centrolabrus.exoletus = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Trisopterus.luscus = c(0L,
0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L,
0L, 0L, 0L, 1L, 9L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 0L, 8L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 40L), Trisopterus.minutus = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 2L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Mustelus.sp. = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Dicentrarchus.labrax = c(2L,
0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 1L, 4L, 2L, 3L, 0L, 3L, 0L, 1L,
3L, 1L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 2L, 0L,
0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L), Mullus.surmuletus = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 0L, 1L, 0L, 0L,
7L, 2L, 0L, 1L, 2L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 6L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L), Ammodytidae.sp. = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 26L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 127L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 107L,
47L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L,
0L), Diplodus.vulgaris = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Anemonia.viridis = c(0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Raja.sp. = c(0L,
0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Mustelus.asterias = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Conger.conger = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Pollachius.pollachius = c(0L,
0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 1L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
2L, 1L, 0L, 2L, 2L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L), Chelon.spp. = c(0L,
0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 3L, 1L, 0L, 5L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L,
0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Total.species..MaxN. = c(1,
4, 7, 3, 2, 3, 7, 4, 5, 4, 2, 4, 4, 12, 6, 8, 5, 8, 3, 8,
8, 1, 8, 4, 5, 9, 10, 5, 9, 6, 2, 2, 3, 7, 6, 3, 4, 6, 4,
7, 6, 1, 7, 9), Total.individuals..MaxInd. = c(2L, 5L, 45L,
6L, 2L, 3L, 9L, 8L, 32L, 11L, 3L, 9L, 39L, 17L, 12L, 67L,
16L, 139L, 8L, 14L, 20L, 2L, 15L, 4L, 77L, 16L, 22L, 6L,
131L, 55L, 3L, 2L, 5L, 39L, 11L, 6L, 32L, 12L, 12L, 12L,
12L, 1L, 7L, 58L)), row.names = c(NA, -44L), class = "data.frame")
I am trying to plot;
glm1 <- glmer(Total.species..MaxN. ~ Bait.Type + (1|Habitat),
family=poisson, data=df)
My current graph looks like this;
and I would like it to look more like this (but without the habitat category;
I have tried the following code;
taxapred <- ggpredict(glm1, terms = "Bait.Type")
plot(taxapred) +
labs(x = "Bait Type", y = "Number of Taxa")+
theme_classic()
Upvotes: 0
Views: 212
Answers (1)
DaveArmstrong
Reputation: 22034
You can do this by manually plotting the output of ggpredict. To get this to work, I had to use the options, type="random" and interval="confidence" to get predictions for all bait-habitat pairs. Once you do that, you can use the bar geometry (with position="dodge" and stat="identity") to make side-by-side bars. You can add the errorbar geometry to get the error bars.
df <- structure(list(Date = c("06/07/2023", "09/07/2023", "29/06/24",
"29/06/24", "06/07/23", "09/07/23", "20/07/24", "06/07/23", "29/06/24",
"07/07/23", "10/07/23", "12/07/23", "03/07/23", "12/07/23", "19/07/24",
"12/30/99", "12/07/23", "19/07/24", "04/07/23", "18/07/24", "20/07/24",
"04/07/23", "18/07/24", "20/07/24", "08/07/23", "19/07/24", "20/07/24",
"06/07/23", "14/07/24", "18/07/24", "06/07/23", "14/07/24", "17/07/24",
"06/07/23", "14/7/24", "17/07/24", "10/07/23", "10/07/23", "10/07/23",
"13/07/24", "13/07/24", "13/07/24", "20/07/24", "20/07/24"),
Site = structure(c(3L, 3L, 3L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 3L,
3L, 3L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 1L, 1L, 1L, 2L,
2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 3L, 2L,
1L, 3L, 2L, 3L), levels = c("Centre", "East", "West"), class = "factor"),
Habitat = structure(c(2L, 2L, 1L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 2L,
2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 2L, 2L, 2L,
1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 1L, 1L, 1L, 2L, 1L, 2L,
1L, 2L, 2L, 1L, 1L), levels = c("Kelp", "Sand"), class = "factor"),
Bait.Type = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 3L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L,
2L, 2L, 2L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 4L, 4L, 4L,
4L, 4L, 4L, 4L, 4L), levels = c("Clams", "Control", "Crabs",
"Mackerel", "Worms"), class = "factor"), Time.of.first.arrival = structure(c(6L,
5L, 1L, 5L, 4L, 6L, 1L, 1L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 10L, 4L, 1L, 6L, 1L, 9L, 2L, 1L, 1L, 5L, 1L, 2L,
10L, 7L, 3L, 1L, 1L, 3L, 1L, 1L, 2L, 2L, 1L, 8L, 1L, 1L), levels = c("1",
"2", "3", "4", "8", "10", "13", "17", "20", "26"), class = "factor"),
Maja.brachydactyla = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
1L, 2L, 0L, 0L, 0L), Cancer.pagurus = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Homarus.gammarus = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Necora.puber = c(0L,
1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Pagurus.sp. = c(0L,
2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 2L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L), Tritia.reticulata = c(0L,
1L, 1L, 0L, 0L, 1L, 2L, 0L, 3L, 2L, 0L, 0L, 30L, 1L, 1L,
1L, 0L, 0L, 5L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 22L, 0L, 7L, 0L, 6L, 0L, 0L, 0L),
Sepia.officinalis = c(0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 1L), Spondyliosoma.cantharus = c(0L, 1L,
0L, 3L, 1L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 3L, 5L, 1L, 3L,
2L, 0L, 2L, 0L, 0L, 2L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 3L, 0L, 0L,
3L, 1L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 4L, 0L, 1L, 1L, 6L), Scyliorhinus.canicula = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Gobiusculus.flavescens = c(0L,
0L, 34L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
58L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 72L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L
), Parablennius.gattorugine = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Gobius.sp. = c(0L, 0L, 3L, 0L,
0L, 0L, 2L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 3L, 0L, 4L, 0L,
0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 6L, 10L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L,
31L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Tripterygion.delaisi = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Callionymus.sp. = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 6L, 2L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 2L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 2L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 5L, 0L, 2L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L), Labridae = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Labrus.bergylta = c(0L,
0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 2L, 1L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L, 1L,
1L, 1L, 0L, 0L, 2L, 0L, 2L, 0L, 2L, 2L, 2L, 0L, 4L, 1L, 1L,
0L, 0L, 1L, 2L, 3L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 2L), Symphodus.bailloni = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Symphodus.melops = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 1L,
0L, 1L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 1L, 2L, 0L, 0L, 3L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L), Ctenolabrus.rupestris = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L), Labrus.mixtus = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L), Centrolabrus.exoletus = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Trisopterus.luscus = c(0L,
0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L,
0L, 0L, 0L, 1L, 9L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 0L, 8L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 40L), Trisopterus.minutus = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 2L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Mustelus.sp. = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Dicentrarchus.labrax = c(2L,
0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 1L, 4L, 2L, 3L, 0L, 3L, 0L, 1L,
3L, 1L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 2L, 0L,
0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L), Mullus.surmuletus = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 4L, 0L, 1L, 0L, 0L,
7L, 2L, 0L, 1L, 2L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 6L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 3L, 0L, 0L, 0L, 0L), Ammodytidae.sp. = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 26L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 127L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 107L,
47L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 0L, 1L,
0L), Diplodus.vulgaris = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Anemonia.viridis = c(0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Raja.sp. = c(0L,
0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Mustelus.asterias = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Conger.conger = c(0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Pollachius.pollachius = c(0L,
0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 1L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L,
2L, 1L, 0L, 2L, 2L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 2L, 0L, 1L, 0L, 0L, 1L, 1L), Chelon.spp. = c(0L,
0L, 0L, 2L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 1L, 0L, 0L,
0L, 0L, 0L, 3L, 1L, 0L, 5L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L,
0L, 0L, 1L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), Total.species..MaxN. = c(1,
4, 7, 3, 2, 3, 7, 4, 5, 4, 2, 4, 4, 12, 6, 8, 5, 8, 3, 8,
8, 1, 8, 4, 5, 9, 10, 5, 9, 6, 2, 2, 3, 7, 6, 3, 4, 6, 4,
7, 6, 1, 7, 9), Total.individuals..MaxInd. = c(2L, 5L, 45L,
6L, 2L, 3L, 9L, 8L, 32L, 11L, 3L, 9L, 39L, 17L, 12L, 67L,
16L, 139L, 8L, 14L, 20L, 2L, 15L, 4L, 77L, 16L, 22L, 6L,
131L, 55L, 3L, 2L, 5L, 39L, 11L, 6L, 32L, 12L, 12L, 12L,
12L, 1L, 7L, 58L)), row.names = c(NA, -44L), class = "data.frame")
library(lme4)
#> Loading required package: Matrix
library(ggeffects)
library(ggplot2)
glm1 <- glmer(Total.species..MaxN. ~ Bait.Type + (1|Habitat),
family=poisson, data=df)
taxapred <- ggpredict(glm1,
terms = c("Bait.Type", "Habitat"),
type = "random",
interval="confidence")
ggplot(taxapred,
aes(x=x, y=predicted, fill=group)) +
geom_bar(stat="identity", position="dodge") +
geom_errorbar(aes(x=x,ymin=conf.low, ymax=conf.high), position=position_dodge(width=1), width=.25) +
scale_fill_manual(values=c("#8a1ca6", "#e00999")) +
theme_classic() +
labs(x="Bait Type", y="Number of Taxa", fill="Habitat")
Created on 2023-09-03 with reprex v2.0.2
Upvotes: 1
Related Questions
- mixed bar plots creation and arrangement in a descending order
- add sample size (n=xx) in each legend label in ggplot
- How to filter lists within a list in R iteratively or how to filter a data.table using two criteria simultaneously, creating objects at run time
- prop.table() in R on a list of tables
- Timeseries and its visualisation
- Looping subsets in plm