user29574866
Reputation: 1
Using TRADER package in RStudio, this stops me: Error in while ((!is.na(above[iil - 1, i])) & (iil > 1)) iil <- iil - : argument is of length zero
I am using TRADER package in RStudio in my dendrochronology project and this error keeps popping up after entering the function growthAveragingALL().
Error in while ((!is.na(above[iil - 1, i])) & (iil > 1)) iil <- iil - :
argument is of length zero
This is the entirety of my code that I am using:
#required packages
library(dplR)
library(TRADER)
setwd(File pathway)
thedata1 <- read.tucson(North.txt")
spag.plot(thedata1, zfac = 1, useRaster = FALSE, res = 300)
thedata.raw.crn1 <- chron(thedata1, prefix = "xxx", prewhiten=FALSE)
plot(thedata.raw.crn1,abline.pos=NULL,ylab='mm',xlab='Year')
growthAveragingALL(thedata1, releases = NULL, m1 = 15, m2 = 15, buffer = 10, drawing = TRUE, criteria = 0.25, criteria2 = 0.50, prefix = "ga", gfun = mean, length = 5, storedev = jpeg)
This is the dataset that labeled 'thedata1' that I have (If copy and pasted, it would look better):
Z000304B Z000305B Z000305A Z000318B Z000319A Z000201A Z000201B Z000217B Z000401B Z000406A Z000413A Z000418A Z000418B Z000423A
1885 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.00
1886 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.55
1887 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.52
1888 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.42
1889 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.19
1890 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.34
1891 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.53
1892 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.45
1893 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.24
1894 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.47
1895 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.62
1896 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.32
1897 1.85 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.60
1898 2.43 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.78
1899 2.58 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.78
1900 0.82 NA 0.85 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.54
1901 3.35 NA 1.86 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.80
1902 0.80 NA 0.78 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.17
1903 2.11 NA 1.71 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.46
1904 1.02 NA 0.55 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.44
1905 3.27 NA 1.48 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.95
1906 1.93 NA 1.70 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 0.88
1907 2.82 NA 1.93 NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA 1.44
1908 2.61 NA 1.35 NA 0.87 NA NA NA NA NA NA NA NA 1.30
1909 1.90 NA 1.60 1.33 1.17 NA NA NA NA NA NA NA NA 1.22
1910 1.00 NA 0.73 0.81 0.88 NA NA NA NA NA NA NA NA 0.57
1911 1.58 NA 1.02 0.87 0.63 NA NA NA NA NA NA NA NA 0.61
1912 2.67 NA 1.79 1.22 1.22 NA NA NA NA NA NA NA NA 0.66
1913 1.58 NA 1.22 0.89 1.37 NA NA NA NA NA NA NA NA 0.90
1914 1.61 NA 1.43 1.13 1.28 NA NA NA NA NA NA NA NA 1.29
1915 2.21 NA 1.39 0.88 2.24 NA NA NA NA NA NA NA NA 1.45
1916 1.90 NA 1.17 0.87 1.49 NA NA NA NA NA NA NA NA 0.43
1917 1.85 NA 1.06 0.90 1.75 NA NA NA NA NA NA NA NA 0.61
1918 1.53 NA 0.97 0.84 0.74 NA NA NA NA NA NA NA NA 0.41
1919 1.75 NA 0.86 1.50 2.18 NA NA NA NA NA NA NA NA 0.87
1920 1.96 NA 0.99 1.34 2.05 NA NA NA NA NA NA NA NA 0.57
1921 1.49 NA 0.77 0.52 1.69 NA NA NA NA NA NA NA NA 0.70
1922 1.64 NA 1.12 0.69 1.20 NA NA NA NA NA NA NA NA 0.85
1923 1.78 NA 1.09 1.28 1.77 NA NA NA NA NA NA NA NA 0.62
1924 1.32 NA 0.99 0.62 0.71 NA NA NA NA NA NA NA NA 0.58
1925 1.78 NA 0.89 0.73 1.16 NA NA NA NA NA NA NA NA 0.58
1926 1.68 NA 1.16 0.79 1.20 NA NA NA NA NA NA NA NA 1.01
1927 2.03 2.15 1.18 1.59 1.56 NA NA NA NA NA NA NA NA 1.08
1928 1.02 2.36 0.89 0.60 1.12 NA NA NA NA NA NA NA NA 0.68
1929 1.70 1.49 1.15 0.68 1.23 NA NA NA NA NA NA NA NA 0.84
1930 1.16 1.93 0.90 1.36 1.69 NA NA NA NA NA NA NA NA 1.02
1931 1.06 1.99 1.10 0.91 1.50 NA NA NA NA NA 1.02 NA NA 1.27
1932 1.00 1.64 1.01 0.55 1.20 NA NA NA NA NA 0.43 NA NA 0.95
1933 1.19 2.17 1.04 1.04 1.98 NA NA NA NA NA 1.10 NA NA 1.20
1934 0.49 0.85 0.45 0.34 1.07 NA NA NA NA NA 0.86 NA NA 0.24
1935 0.97 1.65 0.99 1.00 2.34 NA NA NA NA NA 1.58 NA NA 0.48
1936 0.66 1.75 0.79 0.66 1.32 NA NA NA NA NA 0.78 NA NA 0.38
1937 1.34 1.64 1.05 0.76 1.95 NA NA NA NA NA 1.95 NA NA 0.63
1938 0.91 1.14 0.92 0.51 1.33 NA NA NA NA NA 2.13 NA NA 0.40
1939 1.13 1.42 0.98 0.53 0.93 NA NA NA NA NA 1.33 NA NA 0.33
1940 0.79 1.73 1.04 0.47 1.10 NA NA NA NA NA 0.98 NA NA 0.40
1941 1.66 2.77 1.63 1.21 1.89 NA NA NA NA NA 1.15 NA NA 0.94
1942 1.50 2.46 1.51 0.25 1.42 NA NA NA NA NA 0.46 NA NA 0.70
1943 1.01 1.54 1.02 0.42 0.85 NA NA NA NA NA 0.25 NA NA 0.70
1944 1.62 1.35 0.87 0.44 1.38 NA NA NA NA NA 0.37 NA NA 0.86
1945 1.17 1.69 1.22 0.74 1.59 NA NA NA NA NA 0.31 NA NA 0.48
1946 0.34 0.52 0.34 0.61 1.02 NA NA NA NA NA 0.27 NA NA 0.24
1947 1.16 1.34 1.11 0.25 0.81 NA NA NA NA NA 0.15 NA NA 0.39
1948 0.77 1.10 0.70 0.34 0.91 NA NA NA NA NA 0.69 NA NA 0.46
1949 1.00 1.37 0.81 0.53 0.95 NA NA NA NA NA 0.55 NA NA 0.85
1950 0.73 1.01 0.48 0.57 0.70 NA NA NA NA NA 0.34 NA NA 0.57
1951 0.51 0.97 0.61 0.32 0.42 NA 0.98 NA NA NA 0.66 NA NA 0.36
1952 0.83 1.46 0.57 0.25 1.00 NA 1.86 NA 3.15 NA 0.61 NA NA 1.02
1953 0.62 1.21 0.41 0.59 0.55 NA 0.97 NA 3.26 NA 0.53 NA NA 0.70
1954 0.51 1.18 0.74 0.41 0.59 NA 1.48 NA 2.73 NA 0.64 NA NA 0.45
1955 0.52 0.77 0.37 0.89 0.85 NA 1.42 NA 2.30 NA 1.19 NA NA 0.48
1956 0.71 0.88 0.62 0.57 0.38 NA 0.71 1.87 1.29 1.23 0.82 NA NA 0.29
1957 1.07 1.84 1.01 0.49 0.74 NA 3.37 3.86 3.34 1.93 0.44 NA NA 1.06
1958 0.72 2.44 0.75 0.53 0.78 3.23 4.17 3.06 2.28 0.73 1.72 NA NA 0.63
1959 0.85 1.30 0.67 0.34 0.78 2.74 3.10 2.36 1.50 0.71 1.19 NA NA 0.42
1960 0.91 1.31 0.72 0.23 0.55 2.87 3.49 3.41 2.16 2.53 0.76 NA NA 0.61
1961 0.49 0.53 0.58 0.30 0.55 2.65 3.04 2.75 1.36 2.31 0.61 NA NA 0.40
1962 0.66 0.68 0.92 0.30 1.06 2.73 2.77 3.22 2.16 3.18 0.50 NA NA 0.47
1963 0.70 0.76 0.69 0.70 1.27 2.66 2.85 2.01 2.78 1.98 0.34 NA NA 0.58
1964 0.68 0.80 0.78 0.66 1.02 2.20 2.76 2.18 3.60 1.62 0.58 NA NA 0.66
1965 0.62 1.28 0.74 0.73 0.97 2.01 2.65 2.66 3.55 1.96 0.38 NA NA 1.05
1966 0.59 0.99 0.66 0.49 0.89 1.58 2.26 3.44 3.06 1.47 0.24 NA NA 0.93
1967 0.98 1.77 1.09 1.12 1.08 2.16 2.21 2.26 5.12 1.10 0.40 NA NA 1.44
1968 0.76 1.32 0.76 0.51 0.97 1.38 1.60 2.32 4.23 0.84 0.39 NA NA 1.09
1969 0.76 1.06 0.60 1.30 0.81 1.93 1.62 2.96 3.22 1.84 0.27 NA NA 1.30
1970 0.79 1.65 0.89 1.38 1.02 1.43 2.15 2.67 3.41 1.72 0.33 NA NA 1.05
1971 0.70 1.44 0.59 1.25 0.74 1.03 1.60 2.47 2.86 1.31 0.42 NA NA 0.92
1972 0.55 1.25 0.45 0.90 0.47 1.14 1.21 1.98 2.31 1.42 0.18 NA NA 0.85
1973 0.66 1.91 0.64 2.19 1.10 1.59 1.77 2.57 3.86 1.65 0.42 NA NA 0.90
1974 0.47 0.98 0.46 0.79 0.59 1.00 1.59 2.62 2.65 0.74 0.46 NA NA 0.45
1975 0.79 1.63 0.59 0.94 0.53 1.78 2.04 2.89 3.58 1.12 0.27 NA NA 0.68
1976 0.53 1.38 0.64 1.67 0.47 2.17 2.59 1.91 4.72 0.95 0.17 NA NA 0.63
1977 0.59 1.39 0.64 1.96 0.57 2.16 2.54 3.33 4.40 0.64 0.42 NA NA 0.61
1978 0.56 1.07 0.58 1.46 0.53 2.00 2.14 2.37 3.85 0.47 0.43 NA NA 0.70
1979 0.66 1.18 0.52 1.72 1.52 2.29 2.68 1.99 3.75 0.68 0.60 NA NA 0.96
1980 0.45 0.96 0.40 1.21 0.81 2.59 2.08 2.16 3.47 0.97 0.44 NA NA 1.30
1981 0.40 1.27 0.44 1.05 0.64 1.38 1.08 1.79 1.99 0.76 0.43 5.19 NA 0.54
1982 0.53 1.25 0.60 2.19 1.61 1.47 0.87 2.01 2.71 1.04 0.88 3.67 5.69 0.78
1983 0.51 1.44 0.76 2.99 1.59 2.49 1.31 3.06 2.86 1.23 1.10 3.49 4.88 1.22
1984 0.55 1.20 0.76 1.09 0.91 1.56 0.75 3.45 2.06 1.25 0.82 3.71 4.82 0.50
1985 0.64 1.15 0.65 1.66 1.04 1.20 0.63 2.34 2.25 1.78 0.73 3.47 4.20 0.57
1986 0.55 1.53 0.80 1.28 0.85 1.86 1.12 2.20 2.14 0.93 0.84 2.16 4.45 0.45
1987 0.62 1.23 0.61 1.15 0.87 1.34 0.55 1.89 1.29 0.64 0.36 2.61 3.46 0.52
1988 0.59 1.70 0.63 1.14 0.91 1.46 0.70 1.73 1.67 1.08 0.84 4.51 5.93 0.65
1989 0.53 1.34 0.64 1.08 0.81 0.83 0.42 1.62 1.23 0.95 0.25 2.75 4.21 0.51
1990 0.36 0.88 0.43 1.09 0.98 1.17 0.70 1.77 1.06 0.81 0.45 3.70 4.66 0.56
1991 0.60 1.17 0.73 1.12 0.68 1.42 0.57 2.39 1.99 1.22 0.54 4.77 4.00 0.56
1992 0.32 1.28 0.63 1.58 1.23 1.96 1.19 2.60 1.76 1.17 0.81 3.06 5.48 1.20
1993 0.32 0.98 0.48 0.79 0.59 1.37 0.78 2.37 2.41 0.74 0.47 3.13 2.73 0.70
1994 0.32 1.39 0.45 1.73 0.96 0.96 0.74 2.15 1.97 0.89 0.37 4.02 3.73 0.81
1995 0.47 1.24 0.48 1.00 0.91 1.75 1.22 1.60 3.42 1.08 0.41 3.64 4.41 1.11
1996 0.15 0.71 0.20 0.51 0.65 1.18 0.90 1.21 0.28 0.51 0.17 2.44 3.45 0.21
1997 0.36 0.84 0.48 0.79 0.64 1.29 1.03 1.35 1.97 0.61 0.47 1.07 3.58 0.64
1998 0.36 1.65 0.48 1.08 0.96 1.45 1.15 2.24 4.87 1.25 1.02 3.76 4.36 0.76
1999 0.36 1.50 0.45 0.93 1.45 1.65 1.14 2.24 3.33 0.99 0.70 2.31 3.76 0.39
2000 0.21 1.18 0.42 0.28 0.55 0.65 0.43 1.98 0.53 0.42 0.17 1.82 2.73 0.28
2001 0.34 1.70 0.65 1.21 1.13 1.57 0.89 2.35 2.46 1.12 0.90 2.38 3.94 0.40
2002 0.11 0.31 0.22 0.23 0.15 0.56 0.29 1.14 0.19 0.15 0.15 0.38 0.55 0.15
2003 0.21 0.92 0.48 0.70 0.49 1.30 0.47 1.80 2.18 0.83 0.99 1.79 2.51 0.25
2004 0.19 0.58 0.39 0.68 0.34 1.25 0.43 2.24 1.27 0.85 2.23 1.84 1.75 0.49
2005 0.25 0.80 0.48 0.70 0.54 1.94 0.78 3.22 2.80 1.31 4.21 2.17 2.03 0.53
2006 0.30 0.99 0.54 0.78 0.49 1.48 0.47 1.58 1.18 0.87 4.26 0.83 1.36 0.49
2007 0.34 0.95 0.51 0.91 0.64 1.63 0.43 1.74 3.43 2.04 5.25 2.28 2.08 0.71
2008 0.30 0.67 0.38 1.08 1.06 1.97 0.78 2.61 4.50 3.01 4.69 2.82 2.61 0.81
2009 0.34 1.05 0.78 0.78 0.60 1.57 0.66 2.18 4.09 1.88 2.83 2.00 2.90 0.92
2010 0.28 1.12 0.55 1.06 1.32 1.20 0.66 1.63 4.30 1.76 2.83 3.44 2.94 0.94
2011 0.38 1.14 0.56 0.66 0.52 1.28 0.77 0.90 2.94 1.49 3.30 2.88 3.81 0.77
2012 0.36 1.17 0.54 0.83 0.56 0.96 0.59 1.08 1.58 1.10 0.94 3.80 3.54 0.58
2013 0.36 0.99 0.49 0.91 0.67 1.21 0.63 1.37 3.67 1.59 1.59 3.47 3.48 0.76
2014 0.32 0.93 0.66 0.68 0.66 1.48 0.75 1.09 1.47 0.91 0.87 2.19 3.63 0.47
2015 0.30 1.13 1.00 0.96 0.66 1.58 0.53 1.13 3.23 1.76 1.91 3.23 4.03 0.75
2016 0.34 1.10 0.68 0.72 0.75 1.07 0.79 1.74 3.10 1.27 1.93 3.42 4.20 0.43
2017 0.28 1.05 0.66 1.06 0.68 1.41 0.77 2.45 2.54 1.27 3.12 3.04 4.34 0.54
2018 0.11 0.60 0.34 0.68 0.42 1.01 0.51 2.20 0.24 0.17 0.24 1.03 2.19 0.17
2019 0.36 1.01 0.57 1.14 0.57 1.26 0.71 1.79 1.90 0.83 2.07 2.93 5.21 0.35
2020 0.38 0.90 0.60 1.08 0.74 1.00 0.44 1.63 2.11 1.08 2.68 3.64 2.87 0.63
2021 0.13 0.75 0.51 0.89 0.69 0.84 0.50 2.23 1.01 0.55 0.87 2.78 1.81 0.78
2022 0.23 1.32 0.81 1.08 0.93 1.13 0.68 3.12 2.00 1.55 2.55 2.83 2.81 0.67
I tried getting rid of the NA areas of my dataset by filling in with the last value of the columns as well as made sure that my dataset was in a data frame format. The error still pops up. I would like this code to work in the end by having function run it's course fully as well as know what the error of the code is. I would very much appreciate input.
Upvotes: 0
Views: 28
Answers (0)
Related Questions
- Convert object list to obtain rownames R
- Correctly place geom_text labels in forest plot with "fill" parameter in ggplot2
- Adding the prevalence of an outcome to a gtsummary::tbl_uvregression univariable regression table
- How to use Corrplot with correlation matrix created by hand (of type list)
- How to make SPI plots using ggplot2?
- 'x' and 'y' lengths differ in custom entropy function
- Cannot format data to make boxplot with ggplot2
- Data transformation: from dyadic to observational data in R
- 'x' must be numeric ERROR in R while trying to create a Leaf and Stem display
- Unstacking data.frame obtained via BDH function in Rbbg package